Une mutation inquiétante du coronavirus est découverte dans l’État de Washington – mais ne s’est pas propagée

Trois infections au COVID-19 diagnostiquées à Washington en octobre ont été causées par un virus avec une mutation qui pourrait renforcer la capacité du virus respiratoire à esquiver les défenses immunitaires.
La mutation, appelée E484K , est également présente dans deux des nouveaux variants viraux inquiétants qui se répandent dans le monde entier – ceux qui sont originaires d’Afrique du Sud et du Brésil. Mais le virus détecté à Washington ne présentait aucune des autres mutations qui caractérisent ces variants, ont déclaré des chercheurs du UW Medicine Virology Lab.
Aucune autre infection par la mutation n’a été détectée depuis octobre, bien que la surveillance soit limitée dans l’État.
«Sur la base de ce que nous avons à l’heure actuelle, cela n’a pas décollé», a déclaré le biologiste informatique Pavitra Roychoudhury, qui fait partie d’une équipe qui a séquencé les trois génomes. «Nous voulons vraiment garder un œil dessus.»
La mutation a été repérée sporadiquement aux États-Unis depuis le printemps, a déclaré Trevor Bedford, biologiste informatique au Fred Hutchinson Cancer Research Center qui suit les changements génétiques du virus depuis le début de la pandémie.
Ces observations isolées n’ont pas déclenché d’épidémies majeures. «Il semble que le simple fait d’avoir la mutation (E484K) ne suffit pas à faire une énorme différence pour le virus», a-t-il écrit dans un e-mail. Cependant, en combinaison avec les 10 autres mutations ou plus dans les variantes d’Afrique du Sud et du Brésil, elle se propage rapidement.
La mutation est localisée à un site spécifique sur ce qu’on appelle le «domaine de liaison au récepteur» – la partie de la protéine de pointe virale qui s’accroche aux cellules humaines.
Une équipe de recherche de The Hutch a récemment identifié ce site comme le plus préoccupant , car les changements semblent rendre le virus plus difficile à neutraliser pour les anticorps de certaines personnes.
Cependant, des expériences en laboratoire ont montré que si les mutations peuvent atténuer l’immunité, elles ne l’effacent pas, a déclaré le virologue Fred Hutch Jesse Bloom, qui a collaboré avec l’étudiant diplômé Allison Greaney et d’autres sur le travail.
Les changements génétiques du virus sonnent l’alarme car plusieurs nouvelles variantes sont apparues récemment dans le monde, dont certaines se propagent plus facilement. Aucune des nouvelles variantes n’a encore été détectée à Washington, bien que la variante désormais dominante au Royaume-Uni soit apparue dans plusieurs autres États.
L’une des plus grandes inquiétudes est que le virus se transforme au point d’échapper à la réponse immunitaire du corps, qu’elle soit naturelle ou induite par un vaccin. Au moins une personne au Brésil qui s’était rétablie du COVID-19 a été réinfectée par le variant avec la mutation E484K.
Il est probablement inévitable que le virus déjoue un jour les vaccins, a déclaré Bloom. Mais cela prendra plusieurs années, donnant aux entreprises pharmaceutiques le temps de peaufiner leurs formules, comme elles le font chaque année pour le vaccin contre la grippe.
«Ce n’est pas quelque chose dont la personne moyenne doit s’inquiéter à chaque fois qu’elle entend parler d’une autre de ces mutations», a-t-il déclaré. «Cela n’entraînera pas un échec catastrophique de l’immunité.»
Mais des formes plus contagieuses du virus, comme la variante britannique, sont susceptibles d’avoir des impacts majeurs en termes d’augmentation du nombre d’infections et de décès.
Pour comprendre comment l’évolution virale peut affecter l’immunité, Bloom et son équipe ont examiné les 4 000 mutations possibles dans le domaine de liaison au récepteur. Dans des expériences en laboratoire, ils ont testé chaque mutation pour voir comment elle affectait la capacité du virus à se lier aux cellules humaines. Ils ont également exposé les protéines de pointe mutées au sérum sanguin de 11 personnes infectées par le virus et récupérées.
Dans la plupart des cas, le mélange d’anticorps dans le sang des patients a pu attaquer et neutraliser les mutants. La principale exception était E484K et les mutations associées, qui réduisaient la puissance des anticorps de certains patients d’un facteur 10. Mais les sérums d’autres patients n’avaient aucun problème à combattre la forme mutante, a déclaré Bloom.
Les résultats ont été publiés récemment mais n’ont pas encore été évalués par des pairs ou publiés dans une revue scientifique. Bloom et son équipe travaillent maintenant à évaluer l’impact des mutations sur l’immunité induite par le vaccin.
Les trois cas de Washington avec la mutation E484K ont été découverts lors du séquençage de routine du génome dans le cadre d’un système de surveillance des nouvelles variantes, a expliqué Roychoudhury. Les séquences ont été soumises à un référentiel appelé GISAID , où un chercheur a signalé les mutations.
L’équipe du laboratoire de virologie UW travaille avec des échantillons restants sélectionnés au hasard à partir de tests de coronavirus positifs. Toutes les informations d’identification sont supprimées, de sorte qu’ils ne savent rien sur les cas, y compris où ils se sont produits, comment ils ont pu être liés ou comment les patients se sont comportés, a déclaré Roychoudhury.
L’absence de cas apparentés suggère que les infections pourraient avoir été des impasses, a déclaré Alex Greninger, directeur adjoint du laboratoire de virologie.
«Ces virus ne sont pas omnipotents», a-t-il déclaré. «Si quelqu’un a une variante du virus, mais qu’il n’interagit pas avec d’autres personnes, il ne se transmettra pas.»

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